关于车库改商铺的管理部门，主要涉及以下几方面：
行政执法部门
车库改商铺属于违规行为，可以向当地行政执法部门提出异议或投诉。
建设局和规划局
根据相关法律规定，车库、车房、杂物房等不纳入住改商的范围。经营者在租赁铺位时，要注意其法定用途，确保符合办理营业执照的要求。在签署合同时，必须查看房产证的原件，明确建筑物的用途是否满足经营需求。
城市规划部门负责监管和查处将车库私自改成商铺的行为。
房地产管理部门
房地产管理部门也会对房地产的使用情况进行监管，确保其符合相关规定。
消防和环保部门
若车库改商铺涉及到消防安全、环保等方面的问题，消防、环保等部门也将承担相应的管理责任。
建议
前期规划：在改造前，经营者应仔细查阅房产证的原件，了解建筑物的用途是否符合经营要求。
合法手续：若车库有产权，业主可以持产权证去办理营业执照。若没有产权，则需先取得合法的建设规划手续。
投诉渠道：若发现违规行为，可以向当地行政执法部门、建设局、规划局等部门进行投诉或举报。
通过以上措施，可以有效确保车库改商铺的合法性，并避免潜在的法律风险。