商贸公司在处理运费时，主要依据运费是否计入货物成本来进行不同的会计处理。以下是详细的账务处理方法：
运费计入货物成本
当运费与所购货物一同计入库存商品成本时，会计分录为：
```
借： 库存商品（包含货物的运费）
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷： 银行存款
```
如果运费单独支付，且不包含在其他货物成本中，则分录为：
```
借： 库存商品——XX商品——运费
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷： 银行存款
```
运费不计入货物成本
当运费作为管理费用处理时，会计分录为：
```
借： 管理费用——运杂费
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷： 银行存款
```
运费作为销售费用处理时，分录为：
```
借： 销售费用——运费
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷： 银行存款
```
具体场景说明：
销售部门销售产品：支付运费时，运费计入销售费用。
采购部门采购原材料：支付运费时，运费计入原材料成本。
生产部门维修设备等：支付运费时，运费计入制造费用。
办公后勤部门：如清理厂区垃圾等发生的运费，计入管理费用。
购进固定资产：如机器设备等，运费计入固定资产成本。
简化处理建议：
商贸公司为了简化账务，一般情况下会将运费计入“销售费用”。
如果运费单独向客户收取，则记入“其他业务收入”。
发票处理：
运费发票已经营改增，使用的是货物运输业增值税专用发票，票面上有不含税运费和税额。账务处理时，将不含税运费计入销售费用，税额计入进项税额。
总结：
商贸公司在处理运费时，主要根据费用性质选择相应的会计科目进行核算。计入货物成本时，通过“库存商品”科目；计入管理费用或销售费用时，分别通过“管理费用——运杂费”和“销售费用——运费”科目。同时，根据相关税法规定，进项税额可以抵扣销项税额。