购买二手房时发现房屋已经抵押，购房者可以采取以下措施来处理：
与卖方协商
买受人可以与出卖人协商，要求其返还购房款并办理退房手续。如果双方能够达成一致，可以通过签订解除协议来终止交易。
了解抵押性质
购房者需要了解抵押的具体情况，包括抵押权是否已经登记，以及抵押权人是否同意解除抵押。如果抵押权人同意解除抵押，可以协商由卖方还清贷款或与银行达成产权变更协议，然后进行产权过户。
法律途径
如果协商无果，买受人可以向法院提起民事诉讼，要求返还购房款及利息，并赔偿因此造成的损失。根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》，买受人还可以请求出卖人承担不超过已付购房款一倍的赔偿责任。
查询相关档案
在购房前，购房者应到房产部门查询房屋的抵押和查封情况，以避免购买到抵押房。
合同条款
在签订合同时，购房者应将房屋抵押情况列入合同条款，作为索赔的依据，以保证自己的合法权益。
资金监管
如果业主无法自行解押，可以商议用买方的首付款来解除抵押。为确保资金安全，建议将首付款打入第三方资金监管账户，在业主解除抵押后再放款。
第三方介入
可以通过市场渠道或垫资公司来赎楼，即由第三方支付解押款项，待抵押解除后，卖方再将款项退还给第三方，并承担相应费用。
注销抵押
为房屋抵押人清偿债务，注销房屋抵押后办理房屋产权证。这种方式需要买受人同意并能够代为清偿债务消灭抵押权。
建议
仔细核查：在购房前务必仔细核查房屋的产权证和抵押情况，确保房屋没有抵押或已解除抵押。
合同明确：在签订合同时，明确约定房屋抵押情况及解决方案，以便在出现问题时有法律依据。
选择可靠中介：选择有经验的房地产中介，了解相关流程和风险，减少交易中的不确定性。
法律咨询：在处理过程中，如有需要，及时咨询专业律师，获取法律支持。
通过以上措施，购房者可以有效地处理购买二手房时遇到的抵押问题，保障自己的合法权益。