刑事侦查主体主要包括以下机关：

1. 公安机关：负责大部分刑事案件的侦查工作。

2. 人民检察院：在特定情况下，如司法工作人员犯罪，可直接立案侦查。

3. 国家安全机关：参与国家安全相关的刑事案件的侦查。

4. 军队保卫部门：负责军队内部及与军队相关的刑事案件的侦查。

5. 中国海警局：负责海上及沿海的刑事案件侦查。

6. 监狱侦查部门：负责监狱内发生的刑事案件的侦查。

7. 海关走私犯罪侦查机关：负责走私犯罪的侦查。

这些机关在刑事诉讼中分工明确，共同维护社会治安和司法公正。需要注意的是，根据《刑事诉讼法》的规定，除上述机关外，其他任何机关、团体和个人都不具有侦查权