股权纠纷的案由主要包括以下几种：
股东资格确认纠纷：
涉及股东身份的争议，例如名义股东与实际出资人之间的纠纷。
股权转让纠纷：
包括股权转让合同的效力、履行、变更等问题。
股东知情权纠纷：
股东要求查阅公司相关文件材料而引发的纠纷。
股东名册记载纠纷：
关于股东名册登记内容的争议。
公司决议纠纷：
包括决议效力确认、撤销等纠纷，涉及股东会或董事会决议违反法律法规或公司章程等情形。
损害股东利益责任纠纷：
公司或其他股东的行为损害了特定股东的权益。
公司减资纠纷：
涉及公司减资过程中产生的纠纷。
公司增资纠纷：
涉及公司增资过程中产生的纠纷。
公司设立纠纷：
公司设立过程中产生的纠纷。
公司证照返还纠纷：
涉及公司证照返还的纠纷。
发起人责任纠纷：
发起人因设立公司而产生的责任纠纷。
公司盈余分配纠纷：
股东对公司的利润分配不满等情况。
损害公司利益责任纠纷：
公司或股东的行为损害了公司的利益。
股东损害公司债权人利益责任纠纷：
股东的行为损害了公司债权人的利益。
公司关联交易损害责任纠纷：
公司关联交易中产生的损害责任纠纷。
公司合并纠纷：
公司合并过程中产生的纠纷。
公司分立纠纷：
公司分立过程中产生的纠纷。
公司解散纠纷：
公司解散过程中产生的纠纷。
申请公司清算纠纷：
涉及公司清算过程中产生的纠纷。
清算责任纠纷：
清算过程中的责任纠纷。