新农合（新型农村合作医疗制度）的二次报销流程如下：
医院直接报销
在二甲医院或定点医院就医的新农合参保人员，可以直接在医院收费窗口由医院垫付大病保险赔付资金，出院时自动依据新农合大病保险比例来报销，无需额外办理报销手续。
出院后报销
如果是在其他医院就医，需要携带诊断证明、身份证、参合证原件等材料到新农合结算科进行审核，符合条件者则可拿到新农合补偿款。
所需材料
新农合补偿结算单
居民身份证患者户籍原件、参合证原件
医疗机构费用发票，或者加盖原件收存单位公章的复印件
费用清单、出院结算单或者盖原件收取单位公章的复印件
持有特殊慢性病患者提供的慢性病证，或者二级以上医疗机构出具的特殊慢性病诊断证明以及门诊病历
患者本人或者与患者有关系证明的关系人银行汇款账号。
时间限制
新农合二次报销的时间限制一般为参保人结束治疗后的6个月以内，携带相关材料去相关部门进行报销即可。
报销流程
填写报销呈批表，当事人须向所在村委会领取并按规定填写。
提供住院证明、票据清单等凭证。
村委会根据当事人参加合作医疗、住院报告时间和住院情况，在《农村合作医疗费用报销呈批表》中作出证明，并由审核人签名，加盖公章。
将资料报镇农村合作医疗办公室审核，审核通过后镇领导签字并加盖公章。
支付，签发取款支票，当事人或委托人签收。
建议：
农民在就医后应尽快提交报销申请，以免错过报销时限。
在办理二次报销时，务必携带齐全所有必要的材料，并按照规定的流程进行申请和审核。