办理南京网约车三证（即《网络预约出租汽车驾驶员证》、《网络预约出租汽车运输证》和《网络预约出租汽车经营申请表》）的流程如下：
办理《网络预约出租汽车驾驶员证》
准备材料：
身份证、驾驶证、白墙背景照片、非南京户口需居住证。
网上报名：
关注南京市客运交通管理处公众号，按指引进行网上报名。
窗口申请：
携带材料至南京市客运交通管理处从业资格管理中心报名。
网上审核：
市交通运输行政主管部门审核申请信息，审核通过后预约考试。
参加考试：
携带身份证参加考试，考试合格后领取受理单。
审核结果：
审核合格或不合格，将通过微信或短信通知。
办理《网络预约出租汽车运输证》
车辆条件：
汽车相关参数符合要求，车辆使用性质登记为“预约出租客运”。
初审：
车主到办证大厅窗口进行初审。
车辆检测：
车辆开到汽车综合检测机构检测，并安装卫星定位装置、购买保险。
申请运输证：
到市行政审批局交通运输科申请办理运输证。
办理《网络预约出租汽车经营申请表》
准备材料：
经营申请表、投资人或负责人身份证明、资信证明、企业营业执照、办公场所证明、具备互联网平台和信息数据交互及处理能力的证明材料等。
提交申请：
通过南京市道路运输企业服务平台提交申请材料。
材料审查：
市交通运输主管部门对提交的材料进行审查。
行政许可：
符合条件的，发放《网络预约出租汽车运输证》。
注意事项
办理过程中，办证大厅不收取费用，但车辆检测、安装卫星定位装置和购买保险可能需要额外费用。
办理三证时，需要确保申请人无重大交通事故记录、无严重违章记录。
办理网约车三证时，还需向企业注册地省级通信主管部门申请互联网信息服务备案。
请根据最新的政策和流程进行操作，因为政策可能会有更新变化。