核算加班工资的方法如下：

确定加班费的计算基数

劳动合同中有约定的，以约定为准。

劳动合同中未约定或约定不明的，以实际发放的工资作为计算基数，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等。

计算日平均工资和小时平均工资

日平均工资：月工资收入 ÷ 21.75天。

小时平均工资：月工资收入 ÷ （21.75天 × 8小时）。

不同情况下的加班费计算

平时加班：

加班费 = 日平均工资 ÷ 8小时 × 加班小时数 × 150%。

休息日加班：

加班费 = 日平均工资 ÷ 8小时 × 加班小时数 × 200%。

法定节假日加班：

加班费 = 日平均工资 ÷ 8小时 × 加班小时数 × 300%。

综合计算工时工作制的加班费

在综合计算周期内，如果劳动者的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，则超过的部分应视为延时加班。